日本留学中一些冷门但备受推崇的专业包括：
化学系- 东京工业大学化学系在2020年QS学科排名中位于日本第3位/全球第21位，是一个实力强劲的学科。
牙科学- 东京医科歯科大学歯学部在牙科学领域的排名是日本第1位/全球第6位，仅次于哈佛大学。
图书馆情报学- 筑波大学的知识情报図書館学類是一个较为冷门的专业，但在日本院校中普遍存在。
神学专业- 上智大学神学部是日本唯一的天主教神学部，专注于神学的研究。
忍者专业- 三重大学的忍者专业旨在培养从学术和科学角度研究忍者的人才，同时也为了振兴当地旅游业。
感性设计专业- 八户工业大学的感性设计专业包含视觉设计、生活住居设计、地域建设等领域，旨在提升地域的文化和观光价值。
农业会计学和农家经济分析学- 日本留学专业农学部的农业会计研究设施在这方面的研究与教育是日本独一无二的。
海洋研究- 东京大学的海洋研究所进行深海钻探、主要海洋地壳组成、海底生态、海底资源开发等领域的研究。
航空航天研究- 日本留学专业在宇宙射线、极光观测、行星和地球磁场、天体物理学等方面有显著发展。
癌症研究- 日本的多个大学参与癌症研究，涉及致癌原因、诊断方法、治疗途径等方面的研究。
